Un unico ambiente con soffitto in legno e presbiterio nell'abside, separato dalla navata mediante un elemento divisorio a cinque archi. Le pitture in stile Giotto, fra le meglio conservate di Bolzano e dintorni, decorano l'interno della chiesa. La Cappella di San Giovanni è interamente ricoperta di rappresentazioni della storia di San Giovanni Battista, di San Giovanni Evangelista, della vita di Maria e della storia di San Niccolò.