Im Jahre 1411 wird an dieser Stelle eine kleine Kapelle erbaut. Rund 15 Jahre später wird die Kapelle zur "Neukirche" aus- bzw. umgebaut. Die Ursulinenkirche in Bruneck weist einen gotischen Baustil auf und die Fresken in der Kirche stammen von Johannes von Bruneck (um 1420).
Die Krypta des Ursulinenkirche ist der älteste Teil des ganzen Klostergebäudes, stammt aus der Zeit um etwa 1410; der Raum der Krypta ist fast leer, aber voller Atmosphäre – geheiligt durch jahrhundertelanges Schweigen der Totenruhe.

Im Jahre 1742 wird die Kirche den Ordensschwestern der Ursulinen überlassen. Zu Mitte des 18. Jh. wird die Kirche abrockisiert, ab 1880 wieder in den gotischen Stil zurück versetzt. Die heutige Ausprägung erhält die Kirche nach der Restaurierung im Jahre 1983.