Eine in der Eiszeit von Gletschern ausgeschliffene Mulde bildet die Grundlage für das heutige ausgedehnte Schilf- und Wassergebiet. Gespeist werden die Flächen aus mehreren Frischwasserquellen, kleinere Wasseraustritte hingegen werden von Eisen- und Schwefelbakterien milchig oder rot gefärbt.

Unmittelbar nach der Eiszeit befand sich wohl ein ausgedehnter, wenngleich flacher See anstelle des heutigen Biotops. Reste von steinzeitlichen Pfahlbauten beweisen eine frühe Besiedlung. Im Jahre 1426 erhielt das Kloster Neustift die Fischereirechte im damals noch bestehenden See.

Vermehrte Wasserableitungen und die Nutzung der den See speisenden Quellen als Trinkwasser führten zunehmend zu Verlandung. In den 80er Jahren wurde deshalb eine weite Wasserfläche neu ausgehoben, seit 1986 ist das Raiermoos unter Schutz gestellt. Das Raiermoos ist besonders wichtig als Rastplatz für Zugvögel und Brutplatz für zahlreiche selten gewordene Sumpfvögel. Abgesehen von den für solche Moorflächen typischen Wasserpflanzen gibt es auf einigen trockenen Erhebungen, vor allem dem sogenannten Waldelebühel, ideale Standorte für Fels- und Magerrasen. Insgesamt weist damit das Raiermoos eine erstaunliche Vegetationsvielfalt auf, wie sie ansonsten auf derart engem Raum in Südtirol nur mehr sehr selten anzutreffen ist.