Nach einem verheerenden Brand im Jahre 1322 wurde das Kloster neu aufgebaut und bereits 1348 konnte die dazugehörige Franziskanerkirche eingeweiht werden. 1780 ließ Maria Theresia das Franziskanergymnasium in Bozen errichten und erteilte den Franziskanern die Leitung des Unterrichts an der Schule.