Die Wände der Kirche sind fast ungeschmückt, die wenigen vorhandenen Fresken stellen eine kunstgeschichtliche Rarität dar, die Darstellung der Universitätskultur in einer Kirche. Franziskanische Professoren in schwarzen Talaren im angeregten Disput.
Eines der wichtigsten sakralen Kunstwerke in Bozen ist der geschnitzte Flügelalter von Hans Klocker auf dem die Menschwerdung Christi dargestellt ist. Maria und Josef knien vor dem göttlichen Kind. Jahrhunderte lang stand dieser Weihnachtsaltar auf dem Dachboden, erst im 19. Jahrhundert wurde er in die Kirche zurückgeholt.
Der Kreuzgang ist mit gotischen Fresken aus der Schule Giottos und Gemälden aus dem 18. Jahrhundert ausgeschmückt.