Der Flaggersee ist der Quellsee des Flaggerbaches. Zahlreiche Skitouren und Wanderungen führen an ihm vorbei, auch er selber ist Ziel von Bergsteigern und Wanderern. Hydrographisch gehört der der See zum Eisacktal. An seinem Ufer steht die 1914 erbaute Flaggerschartenhütte.