Bereits zu Beginn des letzten Jahrhunderts (1902) war die Mahlknechthütte ein Schutzhaus. Erst im Jahr 1935 wird namentlich ein Besitzer angeführt. Die Hütte trug damals die Bezeichnung Mahlknecht-Schwaige und gehörte dem Metzger Knoll aus Bozen.
Noch im selben Jahr fiel die Mahlknecht-Schwaige einem Brand zum Opfer, doch Knoll, der schon damals die touristische Bedeutung der Seiser Alm erkannte, kümmerte sich um den Wiederaufbau. In der Zeit des Faschismus wurde der Hüttenname amtlich auf Rifugio Molignon (Molignon-Haus) abgeändert. 1984 wurde die Molignonhütte abgebrochen und neu aufgebaut. 1993 übernahm Mahlknecht Josef die Schutzhütte und die Hütte bekam wieder ihren alten Namen “Mahlknechthütte”.
